Zoids adalah mesin bertarung seperti binatang yang digunakan dalam penggunaan sehari-hari seperti transportasi, dan penggunaan khusus seperti perang. Beberapa jenis Zoids, dikenal sebagai Organoids, adalah miniatur Zoids yang merupakan organisme hidup. Organoids ini memiliki kemampuan untuk melebur dengan Zoid yang tidak hidup dan membuatnya jauh lebih kuat. Juga di laboratorium, dalam tabung suspensi animasi adalah seorang gadis yang aneh. Dia memecahkan tabung terbuka dan membawanya dan Organoid dengannya. Melihat Shield Liger Zoid yang rusak di luar dekat situ, Organoid menyatu dengannya dan memperbaiki kerusakannya. Melarikan diri, Van menamai Organoid Zeke, dan memutuskan untuk menjaganya sebagai teman. Gadis itu, yang menyebut namanya Fiona, ingin menemukan sesuatu yang disebut Zoids Eve, sehingga Van, Zeke, dan Fiona memulai petualangan mereka.