Ditetapkan enam bulan setelah peristiwa Yu-Gi-Oh yang asli! manga, Yuugi Mutou dan teman-temannya berada di tahun terakhir sekolah menengah mereka dan berbicara tentang apa yang akan mereka lakukan di masa depan. Sementara itu, Seto Kaiba telah menugaskan penggalian untuk mengambil Millenium Puzzle yang dibongkar dari reruntuhan ‘Shrine of the Underworld.’ Benda itu sebelumnya menampung jiwa lawannya, Atem, yang ia harap akan dihidupkan kembali untuk menyelesaikan skor mereka. Penggalian disela oleh seorang pria misterius, yang menghadapi Kaiba dalam permainan ‘Sihir