Yuusei Fudou keluar untuk mendapatkan kembali apa yang dicuri darinya. Dunia duel telah berkembang, dengan Riding Duels menjadi puncak hiburan bagi penduduk Neo Domino City. Mereka dimainkan di D-Wheels, hibrida antara Duel Disk dan sepeda motor. Setelah Yuusei yang terampil secara mekanis berhasil membangun D-Wheel-nya sendiri, mantan temannya Jack Atlas mencurinya di samping kartu terbaik Yuusei, Stardust Dragon; meninggalkan kampung halamannya yang sudah tua, Satellite, ia melarikan diri ke Neo Domino City. Dalam dua tahun sejak itu, Jack telah naik ke puncak dunia duel, sementara Yuusei telah membuat persiapan berkat bantuan teman-temannya. Dengan D-Wheel barunya selesai, ia sekarang berangkat ke Neo Domino City, satu-satunya tujuannya untuk menemukan Jack. Tanpa diketahui salah satu dari mereka, ada hal-hal yang jauh lebih besar yang dipertaruhkan dari yang dapat mereka bayangkan, dengan dalang menarik tali di belakang layar.