Di ujung milenium, pertempuran penutup untuk masa depan umat manusia dilakukan. Nasib Kamui Shirou telah diputuskan ketika dia kembali ke Tokyo untuk menghadapi tantangan utamanya. Naga Langit, pembela Bumi, siap melindungi dunia dari Naga Bumi, tujuh malaikat legenda, yang merangkul kehancuran planet ini untuk mewujudkan pemurniannya. Sekarang Kamui harus memutuskan pihak mana yang harus diperjuangkan meskipun ia menemukan ide yang sama sekali tidak menarik. Baru setelah menyadari bahwa kedua teman masa kecilnya, Fuma dan Kotori Monou, berada dalam bahaya besar bahwa Kamui memutuskan untuk melangkah ke posisinya yang ditakdirkan dalam perjuangan klimaks dalam Tahun Takdir Takdir: 1999.