Di Academy City yang maju secara ilmiah, sebuah keajaiban akan terjadi: penyelesaian lift ruang angkasa pertama di dunia, ‘Endymion.’ Sementara itu, seorang siswa SMA, Touma Kamijou, dan temannya Index sedang menjalani kehidupan sehari-hari ketika mereka bertemu dan berteman dengan Arisa Meigo, seorang penyanyi yang ceria dan ambisius. Ketika kejadian aneh mulai terjadi di seluruh kota, mereka mengarah pada penemuan plot rumit yang mengelilingi Arisa dan Endymion. Segalanya menjadi lebih rumit ketika Stiyl Magnus muncul, menandakan bahwa dunia sihir entah bagaimana juga terlibat …