Ketika ketegangan di dalam Sisi Gelap Kota Akademi meningkat, anggota GROUP dan ITEM memutuskan untuk tidak lagi secara buta memenuhi perintah mereka tetapi untuk mencoba dan mengungkap motif sejati Aleister Crowley dan hubungan antara dunia sains dan sihir. Sementara itu, seorang tokoh kuat yang beroperasi dari bayang-bayang bertujuan untuk menjerumuskan seluruh dunia ke dalam kekacauan dan menghasilkan versi penyelamatan mereka sendiri yang terpelintir. Toaru Majutsu no Index III melanjutkan kisah Touma, saat ia, Accelerator, dan Hamazura semua berjuang untuk menyelamatkan mereka. teman-teman dan orang-orang terkasih, sambil berusaha menghentikan kehancuran umat manusia.