Dua tahun telah berlalu sejak akhir Perang Ninja Besar Keempat. Konohagakure tetap dalam keadaan damai dan harmonis — sampai Hokage Keenam Kakashi Hatake memperhatikan bahwa bulan mendekati Bumi dengan berbahaya, menghadirkan ancaman kehancuran planet. Di tengah cobaan berat, Konoha diserang oleh kejahatan baru, Toneri Oosutuski, yang tiba-tiba menculik adik perempuan Hinata Hyuuga, Hanabi. Kakashi mengirim tim ninja terampil yang terdiri dari Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, Shikamaru Nara, Sai, dan Hinata dalam upaya untuk menyelamatkan Hanabi dari cengkeraman jahat Toneri. Namun, selama misi mereka, tim menghadapi beberapa kendala yang menantang mereka, menggagalkan upaya mereka. Dengan penculikannya, hubungan yang dibagikan tim satu sama lain diuji, dan dengan dunia mencapai ambang kehancuran, mereka harus berpacu dengan waktu untuk memastikan keamanan planet mereka. Sementara itu, saat pertempuran terjadi, Naruto terdorong untuk berjuang demi sesuatu yang lebih besar daripada yang pernah dia bayangkan — cinta.