Setelah setahun di Amerika, Kurisu Makise kembali ke Akihabara dan bersatu kembali dengan Rintarou Okabe. Namun, reuni mereka terputus ketika Okabe mulai mengalami kilasan berulang dari garis waktu lain sebagai konsekuensi dari perjalanannya waktu mulai terwujud. Efek samping ini akhirnya memuncak di Okabe yang tiba-tiba menghilang dari dunia, dan hanya Kurisu yang terkejut yang memiliki ingatan tentang keberadaannya. Di tengah keputus-asaan, Kurisu dihadapkan pada pilihan yang benar-benar sulit yang akan menguji tugasnya sebagai ilmuwan dan juga dia. kesetiaan sebagai teman: ikuti nasihat Okabe dan menjauhlah dari perjalanan melalui waktu untuk menghindari konsekuensi potensial yang mungkin ada pada garis dunia, atau mengabaikannya untuk menyelamatkan orang yang paling dia hargai. Terlepas dari keputusannya, jalan yang dia pilih adalah jalan yang akan memengaruhi masa lalu, masa kini, dan masa depan.