Dalam misi arkeologi ke akhir alam semesta yang diketahui, Profesor Daiba tanpa sadar melepaskan kengerian kuno dari kungkungannya. Lima tahun kemudian kekuatan alien yang jahat memulai rencana yang menyatukan kembali berbagai awak Arcadia untuk mengarungi bintang-bintang sekali lagi serta membawa Tadashi Daiba untuk bertemu Harlock untuk pertama kalinya (lagi).