Perjuangan namun remaja yang cerdas, Minato Sahashi, telah gagal dalam ujian masuk perguruan tinggi untuk yang kedua kalinya, sehingga dia dianggap tidak berharga oleh orang-orang di sekitarnya. Namun, perjalanan masa depannya yang kelihatan suram berubah secara dramatis ketika seorang wanita supernatural yang cantik jatuh dari langit dan ke dalam hidupnya. Wanita itu, Musubi, adalah makhluk unik yang dikenal sebagai ‘Sekirei,’ makhluk luar angkasa humanoid dengan kemampuan luar biasa. Alien-alien ini dikenal karena mencium manusia yang membawa gen Ashikabi untuk membangkitkan kekuatan laten tambahan jauh di dalam. Mengenali potensi dalam pemuda yang tampaknya tidak penting, Musubi mencium Minato yang kebingungan, memulai ikatan antara mereka berdua. Ini menyeretnya ke dunia pertaruhan tinggi di Sekirei, di mana ia dan rekan barunya harus bersaing dengan yang lain dalam pertempuran untuk bertahan hidup yang disebut ‘Rencana Sekirei.’ Namun, tanpa diketahui oleh para kontestan, ada jauh lebih berisiko bahwa apa yang pada awalnya melibatkan kompetisi.