Di Akademi St. Mihailov, serangkaian pembunuhan berantai telah terjadi dengan semua korbannya adalah wanita muda. Siapa pelakunya yang merajalela ini? Dan gadis cantik mana yang akan menjadi mangsa kejahatannya selanjutnya? Setelah hari yang mengerikan dilecehkan oleh teman-teman sekelas mereka, saudara perempuan adopsi Mafuyu Oribe dan Tomo Yamanobe menemukan seorang pemuda yang terluka dan memutuskan untuk membawanya kembali ke tempat mereka untuk pulih. Malam itu juga, Mafuyu berakhir dengan belas kasihan pembunuh berantai yang terkenal itu. Anehnya, dia tidak menuntut nyawanya, melainkan ikon yang ditinggalkan oleh ayah Tomo. Untungnya, Sasha, pemuda misterius yang diambil oleh para saudari, datang untuk menyelamatkan tepat pada waktunya, membantu Mafuyu menghindari nasib yang sama dengan yang lain korban. Sasha mengungkapkan bahwa ia adalah seorang Qwaser, seorang individu yang mampu mengendalikan unsur-unsur kimia dengan mengambil bagian dalam Soma, suatu esensi ajaib yang ditemukan di dalam payudara wanita. Mampu memanipulasi besi, Sasha membuat sabit raksasa dan membunuh pembunuh berantai. Dia mendaftar di akademi keesokan harinya menandakan awal tahun sekolah yang sangat ‘menarik’. Seikon no Qwaser adalah kisah yang penuh aksi yang tidak menghindar dari layanan penggemar. Bergabunglah dengan Sasha dan sekutunya saat mereka menangkis kejahatan yang semakin dekat.