Rurouni Kenshin: Meiji Kenkaku Romantan bercerita tentang Shishio yang telah berlayar di kapalnya yang kokoh untuk menjatuhkan pemerintahan Meiji dan mengembalikan Jepang ke dalam kekacauan, membawa Kaoru bersamanya. Untuk menghentikannya tepat waktu, Kenshin berlatih dengan tuan lamanya untuk mempelajari teknik terakhirnya.