Pada tahun 2012 Jepang diserang oleh Mu. Makhluk seperti manusia dari dimensi lain dengan darah biru. Pada tahun 2015 Tokyo diserang oleh penjajah, yang ditolak oleh senjata humanoid yang disebut Dolem. Selama kekacauan itu, Ayato Kamina bertemu dengan Reika Mishima, teman sekelasnya. Pada hari yang sama, dia diserang oleh pejabat pemerintah tetapi seorang wanita bernama Haruka datang untuk menyelamatkannya, memberitahukan kepadanya bahwa dia dikirim untuk menjemputnya oleh Organisasi TERRA, dan bahwa Tokyo telah disegel dalam celah waktu di mana waktu mengalir sepertiga secepat dunia luar. Dia melarikan diri dari Haruka ke kereta di mana dia melihat Reika sekali lagi. Sesampainya di Kamar Rah, ia mengikutinya ke telur yang luar biasa di mana Dolem RahXephon ditetaskan, dan saat dia bernyanyi ibunya muncul di atas Dolem yang telah menghentikan Invasi TERRA. Dalam pertempuran, ibu Ayato terluka, dan Ayato melarikan diri dari Tokyo Jupiter dengan Haruka.