Perjalanan Satoshi dan teman-temannya melalui wilayah Kalos berlanjut! Setelah Satoshi mendapatkan lencana gym ketujuh, grup tersebut bergerak menuju kota berikutnya ketika Eureka menemukan Pokemon misterius yang sedang beristirahat di pochette-nya. Segera diberi nama Puni-chan, itu adalah salah satu yang bahkan Satoshi dan Pokemon Zukan baru Serena tidak dapat mengidentifikasi. Namun, dengan cepat menjadi jelas bahwa Puni-chan adalah target dari kelompok misterius yang mengenakan jas merah terang yang dikenal sebagai Team Flare, yang bertujuan untuk menangkap Pokemon baru untuk melanjutkan agenda mereka. Tetapi ketika Satoshi dan geng menyadari bahwa organisasi yang penuh teka-teki itu tidak berniat memperlakukan Puni-chan dengan sopan, mereka mengambil sikap menentang rencana Tim Flare, berani melawan. Dengan prediksi Gojika yang menjulang di atas mereka, Satoshi membidiknya lencana gym terakhir sementara Serena kontes untuk Putri Key terakhirnya agar dapat bersaing di TriPokalon Master Class. Tetapi ketika Tim Flare mulai bergerak mencari Z yang misterius, cerita-cerita tentang Pokemon XY dan Pokemon XY: Mega Evolution berpapasan dengan Satoshi dan teman-temannya, bersama dengan Team Rocket, terjebak dalam skema yang dapat menempatkan Kalos di posisi yang hebat. bahaya.