Panggungnya adalah Ayanagi City, sebuah kota dekat Laut Jepang. Ini adalah kota yang futuristik yang dibangun untuk melakukan pemulihan dari bencana yang disebabkan oleh ‘Sindrom Apatis’ sepuluh tahun sebelumnya. Siswa sekolah menengah Shin Kanzato dengan adik laki-lakinya Jun, bertemu dengan kakak lelakinya Ryou, yang adalah kepala Kepolisian Kota Ayanagi, lagi setelah sepuluh tahun. Pada saat itu, serangkaian insiden aneh terjadi di Kota Ayanagi seperti kru kapal selam yang tiba-tiba menghilang saat berada di kapal selam mereka, atau gejala tanpa semangat yang mengganggu dunia setelah sepuluh tahun, atau kasus mayat dalam di mana Siswa berpenampilan kejam. Ryou melacak organisasi di belakang serangkaian insiden, dan setelah terlibat dalam insiden itu, Shin membangunkan ‘Persona.’