Sangat sedikit perubahan dalam rutinitas harian Kenji Seki. Setiap pagi, dia membawa anjingnya ke pantai dengan harapan bisa melihat teman sekelasnya, Kahori Harukawa, saat dia berselancar. Setelah itu, dia bertemu dengan tetangga dan teman masa kecilnya, Natsuki Suzuura, dan mereka berjalan ke sekolah. Intinya, dia menjalani kehidupan idilis di mana satu-satunya hal yang harus dia khawatirkan adalah bagaimana akhirnya mengakui perasaannya kepada Kahori. Rutinitas kehidupan Kenji terganggu oleh kedatangan murid pindahan yang misterius. Ryouichi Kyougoku, yang mengaku sebagai paranormal, memiliki karisma dan popularitas yang selalu diimpikan oleh Kenji. Tak lama, Kahori mulai menunjukkan perasaan pada Ryouichi, dan Natsuki menjadi jauh setiap kali Kenji mencoba untuk berbicara tentang perasaannya. Ketika kehidupan Kenji dilemparkan ke dalam kekacauan, bagaimana kedatangan Ryouichi akan berdampak pada orang-orang di sekitarnya? Nerawareta Gakuen mengikuti para siswa sekolah menengah yang tadinya khas ini ketika mereka terlibat dengan hal-hal gaib.