Pada tahun 2015, dunia berada di ambang kehancuran. Harapan terakhir umat manusia terletak di tangan Nerv, sebuah agen khusus di bawah Perserikatan Bangsa-Bangsa, dan Evangelions mereka, mesin-mesin raksasa yang mampu mengalahkan para Malaikat yang menandai kehancuran Bumi. Gendou Ikari, kepala organisasi, mencari pilot yang cocok yang dapat disinkronkan dengan Evangelions dan menyadari potensi sebenarnya mereka. Membantu dalam upaya defensif ini adalah personel berbakat Misato Katsuragi, Kepala Operasi Taktis, dan Ritsuko Akagi, Kepala Ilmuwan. Wajah untuk menghadapi ayahnya untuk pertama kalinya setelah bertahun-tahun, kehidupan rata-rata Shinji Ikari yang berusia 14 tahun berubah secara permanen ketika dia dibawa pergi ke kedalaman Nerv, dan menjadi takdir baru yang mengerikan