Film ini akan terdiri dari dua cerita: ‘Ishi Okoshi’ dan ‘Ayashiki Raihousha.’ Dalam ‘Ishi Okoshi,’ Natsume bertemu dengan youkai kecil bernama Mitsumi di hutan. Mitsumi dipercaya untuk membangunkan youkai dewa ‘Iwatetsu’ dari tidur nyenyaknya. Mitsumi membebani pikiran Natsume, jadi dia berangkat untuk membantu tugas Mitsumi. Dalam ‘Ayashiki Raihousha,’ seorang pengunjung misterius muncul di depan Tanuma. Hampir setiap hari, pengunjung mengunjungi Tanuma, berbicara sedikit dengannya, lalu pergi. Natsume, yang tahu pengunjungnya adalah youkai, mengkhawatirkan Tanuma, tapi Tanuma menikmati pertukaran ini dengan youkai. Youkai tidak ada artinya, tapi kesehatan Tanuma perlahan mulai memburuk.