Setelah ditangkap karena berusaha membunuh pemimpin Kumogakure, Raikage, dan membunuh Jounin dari Kirigakure dan Iwagakure, Naruto dipenjara di Houzukijou, fasilitas penahanan kriminal yang juga dikenal sebagai Penjara Darah. Tuan kastil, Mui, menggunakan jutsu penjara pamungkas untuk mencuri kekuasaan dari para tahanan. Di tempat ini, ada sesuatu yang bertujuan untuk kehidupan Naruto. Pertarungan untuk membuktikan ketidakbersalahannya dan mengungkap kebenaran telah dimulai untuk Naruto dan teman-temannya.