Di Feudal Jepang, orang-orang Edo dikepung oleh serangga raksasa yang merusak tanah. Orang-orang mati-matian memohon pemerintah untuk melakukan sesuatu tentang hal itu. Dengan demikian Kantor Hakim Serangga didirikan, mengumpulkan prajurit yang kuat untuk mempertahankan diri dari serangan hama. Mushibugyou mengikuti Jinbee Tsukishima, seorang pemuda yang berjuang untuk menjadi ahli pedang ahli seperti ayahnya. Untuk menebus insiden mengerikan yang terjadi karena kesalahannya, Jinbee berusaha untuk menggantikan ayahnya sebagai anggota Kantor Hakim Serangga. Dalam perjalanannya di sana, ia bertemu Haru yang cantik, seorang wanita muda yang membantu mengelola rumah teh keluarganya, dan terpaksa menggunakan pedangnya untuk menyelamatkannya dari nasib buruk. Tindakan keberanian yang memberinya tempat di Insect Magistrate. Akankah pembasmi pemula ini dapat membersihkan tanah gerombolan serangga yang berkerumun di dalamnya?