Kisah Mushi-uta terjadi dalam waktu dekat. Sepuluh tahun sebelum pembukaan cerita, makhluk mirip serangga yang dikenal sebagai ‘Mushi’ mulai muncul. Mushi mampu mengonsumsi impian dan pemikiran orang-orang sebagai imbalan atas kekuatan gaib. Di akhir episode satu, protagonis Daisuke ‘Kakkou’ Kusuriya bertemu dengan seorang gadis muda bernama Shiika Anmoto. Keduanya, pada waktunya, menjadi sangat dekat. Namun, tanpa sepengetahuan Kakkou, Shiika adalah pelarian dari penjara rahasia yang dikenal dengan GARDEN di mana mereka yang dimiliki oleh Mushi, yang dikenal sebagai Mushitsuki ditahan. Kekuatan militer GARDEN, Kantor Eksekutif Konservasi Lingkungan Khusus, mengirimkan pembunuh terbaiknya untuk melacak Shiika. Namun, mereka dihadapkan dengan perlawanan dari organisasi perlawanan Mushibane, yang dipimpin oleh ‘Ladybird’ yang penuh rahasia.