Hantu: entitas supernatural seperti hantu atau youkai yang, sampai saat ini, dianggap takhayul. Namun, ketika virus yang menginfeksi otak menyebar ke seluruh masyarakat, persepsi orang-orang tentang dunia berubah ketika makhluk-makhluk mistis diturunkan hidup bersama manusia sepanjang waktu. Virus ini juga telah mempengaruhi mereka dari generasi berikutnya secara signifikan, yang memungkinkan mereka untuk mengembangkan kemampuan khusus yang dapat mereka gunakan untuk melawan hantu-hantu yang berbahaya. menyegel hantu melalui gambar sementara Mai menanamkan kekuatan elemen ke dalam seni bela diri. Bersama-sama, bersama dengan hantu ramah Ruru, mereka membentuk Tim E dari Hosea Academy yang didedikasikan untuk berurusan dengan makhluk-makhluk yang sering nakal ini. Di dunia di mana jalin nyata dan surealis, Musaigen no Phantom World mengikuti petualangan sekelompok teman saat mereka menangani masalah sehari-hari yang disebabkan oleh hantu.