Menjelang tahun 0096 pada Abad Universal, perdamaian yang rapuh muncul dari abu konflik. Pelajar berusia 16 tahun, Banagher Links, mengunjungi koloni industri 7 pada kunjungan lapangan sekolah, tetapi karena pesawat ulang-alik yang rusak, ia ditinggalkan sepenuhnya terlantar. Bagi Banagher, yang selalu menjalani kehidupan normal, perang selalu menjadi bagian yang jauh, hampir mistis dari sejarah; tetapi dalam beberapa menit, fantasi menjadi kenyataan ketika dia menyelamatkan seorang gadis bernama Audrey Burne, yang sangat perlu bertemu dengan pemimpin Yayasan Vist terdekat, Cardeas Vist. Dia berharap bisa membujuknya untuk menahan ‘Kotak Laplace,’ sebuah benda yang berpotensi menghancurkan dunia. Sejarah mulai bergerak ketika kekuatan galaksi berkumpul di Industri 7, masing-masing bersaing untuk memiliki Kotak Laplace. Ketika sisa-sisa Neo Zeon berbenturan dengan Pasukan Federasi Bumi di sekitar koloni itu, Cardeas, pada saat-saat terakhirnya, memberi Banagher kunci ke Box, sebuah mobile suit dijuluki ‘The Unicorn Gundam.’ Dikemas dengan aksi ledakan dan meningkatnya ketegangan, Mobile Suit Gundam Unicorn RE: 0096 mengikuti Banagher ketika keyakinannya diuji dan nasib yang telah tertidur selama lebih dari satu abad akhirnya terwujud.