Pada tahun 0079 di Abad Universal, Federasi Bumi memulai Operasi Odessa — serangan besar-besaran untuk merebut kembali kota besar Ukraina dari Kerajaan Zeon. Ini sukses, dan pasukan Zeon yang tersisa tersebar di seluruh dunia. Federasi Bumi unggul dalam Perang Satu Tahun dan mengerahkan pasukan daratnya di seluruh planet untuk memburu orang-orang yang tersesat. Sebagai bagian dari penyebaran, Ensign Shiro Amada dipindahkan ke Asia Tenggara untuk mengambil komando Tim MS ke-08 — skuadron khusus pilot Tipe Lapangan RX-79 [G] Gundam. Dalam operasi gerilya pertama mereka, tim Shiro ditugaskan untuk mengganggu pasukan Zeon sementara pasukan darat Federasi menemukan senjata Zeon baru yang misterius. Semuanya berjalan sesuai rencana sampai Shiro bertemu dengan Aina Sahalin, seorang pilot ace Zeon yang dia temui di pertempuran sebelumnya, selama pertempuran kecil. Reuni mereka melemahkan tekadnya untuk terus berjuang, dan sekarang komandan muda Shiro harus membuktikan kesetiaannya kepada Federasi — atau dicap sebagai pengkhianat.