71E: Di tengah-tengah perang antara Naturals (OMNI) dan Koordinator (ZAFT), sebuah unit dari ZAFT dikirim untuk membajak jas mobile Mobile Alliance yang baru dikembangkan di koloni netral Heliopolis. Koordinator Sipil Orb Kira Yamato menghadiri sekolah teknik di Heliopolis. Setelah ZAFT membajak 4 dari 5 mobile suit, Kira menemukan yang terakhir, Strike, dipaksa untuk mengujinya untuk menyelamatkan nyawanya dan temannya. Selama kebingungan ini, Kira juga bertemu kembali dengan teman Koordinator masa kecilnya, Athrun Zala, yang ironisnya berubah menjadi tentara ZAFT dan salah satu pembajak di Heliopolis. Memiliki kendali atas Strike, Kira bergabung dengan Earth Alliance naik ke kapal yang dikenal sebagai Archangel, untuk melindungi teman-temannya sambil putus asa karena menjadi musuh teman dan orang-orang masa kecilnya.