U.C. 0097, satu tahun setelah pembukaan ‘Kotak Laplace.’ Meskipun terlepas dari Piagam Abad Universal yang mengakui keberadaan dan hak-hak Newtypes, kerangka dunia belum banyak diubah. Konflik kemudian dijuluki ‘Insiden Laplace’ diperkirakan berakhir dengan jatuhnya sisa-sisa Neo Zeon yang dikenal sebagai Sleeves. Dalam pertempuran terakhirnya, dua mobile suit psycho-frame penuh menunjukkan kekuatan di luar pemahaman manusia. Unicorn putih dan singa hitam disegel untuk menghilangkan bahaya ini dari kesadaran manusia, dan mereka sekarang harus sepenuhnya dilupakan. Namun, RX-0 Unicorn Gundam 03, yang menghilang dua tahun sebelumnya, sekarang akan menunjukkan dirinya di Earth Sphere sekali lagi. Phoenix emas … bernama Phenex.