MS igLoo 2 kembali ke MS igLoo pertama dan menceritakan kisah pasukan Federasi yang harus bertarung melawan Zakus yang mengerikan. Setiap episode menceritakan kisah tentang tentara federasi yang berbeda yang dikutuk oleh Dewa Kematian yang turun ke bumi bersama Zakus dan menunjukkan perjuangan putus asa melawan mobile suit hanya dengan senjata konvensional seperti tank dan rudal. Setiap prajurit, didorong dengan balas dendam, dan Dewa Kematian menjulang di punggung mereka, berjuang melawan rintangan yang merupakan kekuatan mengerikan dari seorang Zaku.