Berada di sekitar gadis-gadis manis mengenakan pakaian lucu adalah semua keinginan Eruna Ichinomiya. Karena Mikagura High School memiliki seragam yang lucu, dia memutuskan untuk mendaftar di sekolah tinggi bergengsi ini yang terkenal dengan klub budayanya. Namun, dia tidak menyadari bahwa bergabung dengan klub adalah wajib, dan perwakilan dari setiap klub harus berjuang untuk mendapatkan peringkat . Berdasarkan peringkat ini, anggota klub diberikan perumahan dan makanan. Mengejar Seisa Mikagura, gadis paling cantik di sekolah, Eruna bergabung dengan klub mudik tetapi mendapati dirinya terdorong untuk bertarung dalam pertempuran klub berikutnya. Dengan perwakilan klub lain yang memiliki kekuatan unik, kompetisi ini pasti akan sengit! Berdasarkan seri lagu populer, Mikagura Gakuen Kumikyoku mengikuti Eruna saat ia menjelajahi berbagai klub di sekolah dan membantu para anggota dengan kehidupan bermasalah mereka, yang semuanya adalah juga bersaing untuk posisi teratas di sekolah.