Ditetapkan 10 tahun setelah Mahou Shoujo Lyrical Nanoha A, Nanoha, Fate, Hayate dan kru lainnya sekarang bekerja penuh waktu di Biro Administrasi Ruang-Waktu. Nanoha adalah instruktur tempur, Nasib adalah penyelidik khusus, dan Hayate adalah seorang komandan. Mereka harus bersatu sekali lagi untuk menyelamatkan dimensi. Memperkenalkan karakter baru juga: Subaru, Teana, Caro dan Erio. Bersiap. Siap. Mempersiapkan!