Sepasang peneliti tetap tinggal di planet Eltria mereka yang sedang sekarat dengan dua putri mereka, Amitie dan Kirie, dengan harapan menemukan cara untuk menghidupkan kembali planet ini. Tetapi ketika sang suami Granz jatuh sakit, tampaknya impian mereka untuk menghidupkan kembali planet ini akan mati. Melawan keinginan kakak perempuannya, Kirie berangkat dengan teman masa kecilnya Iris untuk mencari bantuan dari dunia alternatif yang jauh. Mereka tiba di Jepang di Bumi untuk mencari kunci regenerasi planet mereka. Di sana, mereka bertemu Nanoha, Nasib, dan Hayate.