Film Made in Abyss 3: Fukaki Tamashii no Reimei melanjutkan petualangan epik Riko dan Reg yang bergabung dengan teman baru mereka, Nanachi. Bersama-sama, mereka turun ke lapisan kelima Abyss yang berbahaya, Laut Mayat, dan bertemu dengan Bondrewd yang misterius, White Whistle legendaris yang bayangannya membayangi masa lalu Nanachi yang bermasalah. Bondrewd sangat ramah, tetapi para petualang pemberani tahu banyak hal tidak selalu seperti yang terlihat di Abyss yang penuh teka-teki …