Setelah sebuah pesawat luar angkasa misterius menabrak Bumi, umat manusia menyadari bahwa mereka tidak sendiri. Khawatir akan potensi ancaman dari luar angkasa, dunia mengesampingkan nasionalisme, konflik kepentingan, dan perbedaan budaya mereka, bersatu di bawah bendera Perserikatan Bangsa-Bangsa. Pasukan PBB yang baru dibentuk memutuskan untuk menggunakan kembali pesawat luar angkasa asing tersebut, menamakannya SDF-1 Macross. Sayangnya, pada hari pelayaran perdananya, armada pesawat luar angkasa milik ras alien yang dikenal sebagai Zentradi turun ke Bumi, dan SDF-1 Macross, bertindak atas kemauannya sendiri, menembak jatuh skuadron yang masuk, memicu intergalaksi. Dalam upaya untuk melarikan diri, Macross mencoba untuk meluncurkan dirinya sendiri ke orbit Bulan, tetapi kapal tersebut — dan juga kota tempatnya berada — diteleportasi ke tempat yang jauh. Terjebak dalam kekacauan ini adalah Hikaru Ichijou, seorang pilot akrobatik berjiwa bebas, dan Minmay Lynn, seorang penyanyi yang bercita-cita tinggi. Keduanya, bersama kru Macross, mengalami perjalanan epik yang penuh dengan kesedihan dan drama, berhadapan langsung dengan kekejaman perang di sepanjang jalan.