2089 M – 80 tahun telah berlalu sejak Perang Luar Angkasa I mengubah kehidupan manusia dan ras Zentraedi. Kedua ras tersebut berdamai di Bumi ketika ras alien baru yang disebut ‘Marduk’ muncul di Tata Surya. Saat meliput pertempuran pertama antara U.N. Spacy dan armada Marduk, reporter pemula SNN Hibiki Kanzaki menemukan Ishtar, ‘Emulator’ yang meningkatkan kemampuan tempur Marduk melalui nyanyian. Hibiki membawa Ishtar ke Bumi untuk mengajarinya nilai-nilai kehidupan dan budaya. Bersama dengan pilot ace Valkyrie Silvie Gena, Hibiki dan Ishtar harus menemukan cara untuk menyelamatkan Bumi dari kehancuran total di tangan pemimpin Marduk, Ingues.