Kurang dari setahun setelah peristiwa yang terjadi di serial TV Macross 7, Basara meninggalkan Fire Bomber dan melakukan perjalanan ke planet Zola. Di sana, ia bertemu dengan seorang gadis bernama Elma, yang merupakan penggemar berat Fire Bomber. Itu juga di planet ini di mana dia harus sekali lagi menggunakan kekuatan Spiritia; kali ini, untuk menghentikan pasukan pemburu dan ayah Elma, Graham, membunuh sekelompok paus luar angkasa yang melakukan perjalanan dalam sistem planet.