Pada tahun 2029, Kota Niihama telah menjadi kota metropolitan yang maju secara teknologi. Karena perbaikan besar dalam sibernetika, warganya dapat mengganti anggota tubuh mereka dengan bagian robot. Dunia sekarang lebih saling terhubung daripada sebelumnya, dan Bagian 9 Keamanan Publik kota bertanggung jawab untuk mengabaikan korupsi, terorisme, dan ancaman berbahaya lainnya setelah pergeseran menuju globalisasi ini. Mayor Motoko Kusanagi dari Bagian 9 mempelopori kasus yang melibatkan hacker misterius yang hanya dikenal sebagai ‘Master Boneka,’ yang meninggalkan jejak korban dilucuti dari ingatan mereka. Seperti banyak orang di dunia futuristik ini, tubuh Guru Boneka hampir seluruhnya robot, memberi mereka kekuatan luar biasa. Saat Mokoto dan bawahannya mengikuti jejak penjahat misterius, pihak lain