Film dimulai dengan Fuyuki Hinata dan Keroro Platoon menjelajahi sebuah kuil yang ditinggalkan di kota puncak gunung Machu Picchu di Peru. Saat dalam penjelajahan, Keroro secara tidak sengaja memicu jebakan, dan kebetulan mereka menemukan kamar tersembunyi dengan kristal biru besar di tengahnya, di atas dudukan yang memiliki kunci di dalamnya. Keroro bersandar pada kunci, menyebabkan ruangan mengaktifkan mesin misterius, ini menyebabkan seluruh kuil bergetar. Begitu kelompok menyadari apa yang terjadi, mereka kehabisan ruangan. Saat berlari, Keroro secara tidak sengaja kehilangan Kero Ball-nya sementara Fuyuki melihat sekilas seorang wanita muda yang bersinar ketika dia berlari keluar, dan mengatakan pada Keroro bahwa ada seorang gadis di ruangan itu, tetapi dia terpaksa meninggalkan kamar sebelum dia dapat mengatakan ada yang lain. Kelompok ini berhasil melarikan diri, sementara gadis itu (sekarang tumbuh sepasang sayap bercahaya) mengawasi mereka pergi – sementara kembali di kamar, ada sesuatu yang tumbuh di dalam kristal …