Empat belas tahun setelah mengalahkan pejuang abadi Himuro Genma dan menggagalkan rencana jahat Shogun si Kegelapan, Kibagami Jubei terus berkeliaran di seluruh Jepang sebagai pendekar pedang yang tidak memiliki kekuasaan. Selama perjalanannya, ia bertemu Shigure, seorang pendeta wanita yang belum pernah melihat dunia di luar desanya. Tetapi ketika sekelompok iblis menghancurkan desa dan membunuh semua orang, Jubei menjadi target utama setelah mendapatkan Naga Permata — batu dengan asal yang tidak diketahui. Sementara itu, Shigure — bersama dengan biarawan Dakuan dan seorang pencuri muda bernama Tsubute — melakukan perjalanan ke desa Yagyu. Dan dengan dua klan setan sekarang memburu Shigure, Dakuan harus sekali lagi mendapatkan layanan dari Jubei untuk melindungi Pendeta Cahaya.