Berlangsung satu bulan setelah peristiwa yang terjadi di film Heaven is a Place on Earth. Tinggal di Rumah Sanzenin sekali lagi, Nagi kembali ke jalan hidupnya yang lama, sampai dia menerima kabar dari otoritas Amerika yang memberitahunya bahwa dia memiliki waktu seminggu untuk mengambil barang-barang milik ayahnya yang tertunda tanpa batas waktu karena berbagai keadaan. Setelah menerima berita tentang ayahnya yang tidak dia ingat, Nagi kemudian bertemu dengan seorang gadis misterius (dengan agenda tersembunyi) yang mengaku sebagai adik perempuan Nagi. Serial ini menceritakan sebuah kisah baru yang asli untuk anime dan tidak secara langsung berdasarkan pada manga. Penulis utama dari seri asli Kenjiro Hata secara pribadi menciptakan konsep asli untuk kisah anime ini.