Chizuru Yukimura datang ke Kyoto mencari ayahnya, seorang dokter yang hilang. Sementara di sana, dia menyaksikan perkelahian antara Oni dan Shinsengumi. Membawa dia ke tahanan, Shinsengumi berdebat tentang apa yang harus dilakukan dengan Chizuru, ketika mereka menemukan bahwa dia adalah putri dokter yang juga mereka cari. Shinsengumi kemudian membawa Chizuru untuk mencari dokter yang hilang, dari petualangan ke petualangan.