Mahiro Yasaka hanyalah siswa sekolah menengah biasa, sampai suatu hari dia tiba-tiba diserang oleh monster berbahaya. Ketika semuanya tampaknya hilang, ia diselamatkan oleh seorang gadis berambut perak bernama Nyaruko, yang mengklaim sebagai dewa pengubah bentuk Nyarlathotep dari penulis horor H. P. Lovecraft, Cthulhu Mythos, yang dikirim oleh Space Defense Agency ke Earth. Dia menjelaskan kepada Mahiro bahwa makhluk yang mengejarnya adalah alien bernama Nightgaunt, yang telah berencana menculik dan menjualnya sebagai budak. Setelah menyelamatkannya dari alien, dewa Lovecraftian jatuh cinta dengan Mahiro dan memaksa dirinya ke dalam rumah tangganya, banyak yang menyesal. Selain itu, mereka segera bergabung dengan dua orang lain dari alam fiksi: Cthuko, seorang gadis yang terobsesi dengan Nyaruko, dan Hasuta, seorang anak muda yang mudah disalahartikan sebagai wanita cantik. Bersama-sama, ketiga alien eksentrik melindungi Mahiro dari berbagai bahaya luar angkasa yang mengancam kesejahteraannya dan Bumi, sambil membuat hidupnya seperti neraka.