Setelah penghentian realitas virtual yang sangat populer, MMORPG “The World,” versi baru dari game — The World R: 2 — dibawa online. Pada hari pertamanya dalam permainan, pendatang baru Haseo berpikir dia telah membuat beberapa teman untuk dicari Namun, seolah mengolok-olok sentimennya, mereka membunuh karakternya hanya untuk bersenang-senang, untungnya, ia diselamatkan oleh seorang pemain misterius satu tangan bernama Ovan yang menawarkan untuk menunjukkan kepadanya di seluruh Dunia.
Bersama Ovan dan teman klerusnya, Shino, Haseo menikmati tahun pertama yang indah dalam permainan, tetapi kehidupan yang damai ini hancur ketika karakter Shino terbunuh oleh sosok yang dikenal dikenal sebagai Tri-Edge, yang semua korbannya telah jatuh ke dalam koma di dunia nyata. Dalam kemarahan, Haseo bersumpah untuk menemukan Tri-Edge yang sulit ditangkap dan membunuhnya.
Berlangsung selama tahun pertama Haseo di Dunia, .hack // Roots mengeksplorasi persahabatan yang dibangun Haseo dalam game sebelum Tri-Edge merenggutnya.