Kisah Gundam Build Fighters Try diatur 7 tahun setelah seri 1 berakhir. Sekarang Gunpla Battle Club milik Seiho Academy hanya memiliki satu anggota, Hoshino Fumina, yang merupakan siswa kelas tiga SMP. Sebagai presiden klub, ia membutuhkan dua anggota lagi untuk berpartisipasi dalam Kejuaraan Pertempuran Gunpla Seluruh Jepang yang akan datang. Suatu hari dia bertemu dengan seorang siswa pindahan bernama Kamiki Sekai, yang telah berkeliling untuk pelatihan Kenpo dengan tuannya. Kemudian bergabung dengan pembangun Gunpla muda Kousaka Yuuma, tantangan mereka untuk Pertempuran Gunpla dimulai ….