Kei Narutani dan teman masa kecilnya, Song Minghua, adalah pengungsi Tiongkok yang melarikan diri dari Zai, sebuah organisasi misterius yang tanpa pandang bulu meneror negara dan rakyatnya. Untungnya, selama pelarian mereka ke Jepang, mereka diselamatkan oleh pesawat merah yang aneh. Ketertarikan Kei terhadap pesawat ini membuatnya bertemu dengan penyelamatnya: seorang gadis yang merupakan ‘Anima’