Setelah satu tahun absen, Shinpachi Shimura kembali ke Edo, hanya untuk menemukan kejutan yang mengejutkan: Gintoki dan Kagura, sesama anggota Yorozuya, telah menjadi karakter yang sama sekali berbeda! Melarikan diri dari markas Yorozuya dalam kebingungan, Shinpachi menemukan bahwa semua penghuni Edo telah mengalami perubahan ekstrim yang mustahil, baik dalam penampilan maupun kepribadian. Yang paling tidak dapat dipercaya, saudara perempuannya Otae telah menikah dengan kepala Shinsengumi dan penguntit yang tidak tahu malu Isao Kondou dan sedang mengandung anak pertama mereka. Bingung, Shinpachi setuju untuk bergabung dengan Shinsengumi atas permintaan Otae dan Kondou dan menemukan lebih banyak transformasi mengejutkan yang terjadi baik di dalam maupun di luar dari jajaran organisasi. Namun, menemukan bahwa Wakil Kepala Toushirou Hijikata tetap tidak berubah, Shinpachi dan sekutunya Shinsengumi tidak berangkat untuk mengembalikan kota Edo ke bagaimana mereka mengingatnya. Bahkan dengan lelucon yang lebih jorok, parodi bertato di pipi, dan referensi tak tahu malu, Gintama ‘Mengikuti tim Yorozuya melalui lebih banyak kesialan mereka di dunia Edo yang semarak dan penuh alien.