Gintoki dan teman-teman Yorozuya-nya (atau lebih tepatnya, karyawan yang menderita karena pelanggaran perburuhan), Shinpachi dan Kagura, terus mengikis di kota Edo yang futuristik dan penuh dengan alien. Mereka melakukan pekerjaan apa pun yang mereka dapat temukan sambil berusaha untuk tidak terlibat dalam sesuatu yang terlalu berbahaya. Tetapi ketika Katsura, pemimpin pemberontak Joui dan kenalan lama Gintoki, menghilang setelah diserang secara brutal oleh seorang pembunuh yang tidak dikenal, Shinpachi dan Kagura memulai penyelidikan tentang keberadaannya dan identitas penyerang. Sementara itu, Gintoki melakukan pekerjaan yang tampaknya tidak berhubungan: pandai besi Tetsuya meminta agar Gin memulihkan pedang aneh dan kuat yang disebut Benizakura yang baru-baru ini dicuri. Ketika dua penyelidikan secara bertahap berpotongan, kru Yorozuya menemukan diri mereka di tengah-tengah konspirasi besar yang bergantung pada sifat seram dari pedang Benizakura. Gintoki memutuskan untuk membawa pertarungan langsung ke markas musuh, dan bersama dengan beberapa sekutu yang tak terduga, memulai salah satu pekerjaannya yang paling berbahaya.