Hakuo Gakuin berada di ambang penutupan karena siswa pindah ke sekolah saingan Seishikan setelah cedera misterius terjadi pada siswa yang menolak untuk pindah. Untuk melindungi sekolah dan siswanya, mereka mempekerjakan Kojiro, anggota klan ninja dari Fuma. Setelah mengetahui bahwa Seishikan telah meminta bantuan klan ninja Yasha, yang telah menjadi saingan dengan Fuma selama beberapa generasi, Kojiro mendapatkan bantuan dari sesama ninja Fuma. Meskipun mereka disewa untuk melindungi sekolah, kedua klan saingan bersumpah untuk menghancurkan satu sama lain sekali dan untuk semua sehingga hanya satu klan yang tersisa.