Empat belas tahun setelah Third Impact, Bumi pasca-apokaliptik gurun, peradaban manusia di reruntuhan, dan orang-orang Shinji tahu hampir tak bisa dikenali. Terjebak di dalam Evangelion Unit-01, dia sudah pulih kembali dari ruang angkasa oleh Asuka dan Mari, hanya untuk menemukan dirinya menjadi tawanan Wille, faksi militer yang dipimpin oleh mantan wali Misato Katsuragi. Dingin dan pahit, mantan sekutu melihat dia dengan kecurigaan dan menolak untuk mendukung dia sebagai dia datang untuk berdamai dengan konsekuensi dari tindakannya.Terluka dan bingung Shinji diselamatkan dari Wille oleh Rei dan kembali ke markas Nerv. Di sana, ia bertemu dan berteman dengan misterius Kaworu Nagisa, yang menawarkan kehangatan dan wawasan tentang keadaan Nerv perang dengan para Malaikat. Tapi Shinji dan Kaworu singkat tangguh kebohongan pada malam pertempuran baru, di mana Shinji menemukan bahwa musuh-musuhnya tidak lagi Malaikat tapi mantan kawan-kawan. Dalam hal ini pahit konfrontasi untuk menentukan masa depan dunia, Shinji akan belajar tangan pertama yang lalu benar-benar tidak dapat dibatalkan.