Shinichi Kudou, sebuah misteri besar ahli hanya tujuh belas, ini sudah terkenal karena telah diselesaikan beberapa kasus menantang. Suatu hari, ketika Shinichi melihat dua pria yang mencurigakan dan memutuskan untuk mengikuti mereka, ia secara tidak sengaja menjadi saksi mengganggu aktivitas ilegal. Ketika orang-orang menangkap Shinichi, mereka dosis nya dengan obat percobaan yang dirumuskan oleh organisasi kriminal mereka dan meninggalkan dia untuk mati. Namun, untuk sendiri heran, Shinichi masih hidup dan segera bangun, tapi sekarang, dia memiliki tubuh yang berumur tujuh tahun, sempurna melestarikan aslinya intelijen. Ia menyembunyikan identitas aslinya dari semua orang, termasuk teman masa kecilnya Ran Mouri dan ayahnya, detektif swasta Kogorou Mouri, dan mengambil alias Conan Edogawa (terinspirasi oleh penulis misteri Arthur Conan Doyle dan Edogawa Ranpo).Animasi oleh TMS dan diadaptasi dari manga oleh Gosho Aoyama, Detektif Conan berikut Shinichi yang, seperti Conan, dimulai diam-diam memecahkan senior Mouri kasus dari balik layar dengan-nya masih dengan keterampilan sleuthing, sementara diam-diam menyelidiki organisasi yang bertanggung jawab untuk keadaan saat ini, berharap untuk membalikkan efek obat suatu hari nanti.