Dalam cerita film itu, ada ledakan mendadak di fasilitas Edge of Ocean raksasa Tokyo Summit. Bayangan Tooru Amuro, yang bekerja untuk Biro Keamanan Badan Kepolisian Nasional sebagai Nol, muncul di lokasi. Selain itu, karakter ‘triple-face’ dikenal sebagai Rei Furuya sebagai detektif dan magang Kogorou Mouri, dan ia juga dikenal sebagai Bourbon sebagai anggota Organisasi Hitam. Kogorou ditangkap sebagai tersangka dalam kasus ledakan. Conan melakukan penyelidikan untuk membuktikan Kogorou tidak bersalah, tetapi Amuro menghalangi jalannya.