Cerita dimulai dengan ancaman terhadap gubernur Tokyo, tetapi pemikiran cepat Conan mencegah kematian ketika terowongan kereta bawah tanah diledakkan. Conan mengetahui mungkin ada koneksi ke desa yang dipindahkan untuk pembangunan bendungan, dan dia berlomba untuk menghentikan penjahat sebelum serangan berikutnya.